一、办公室（挂政策法规科牌子）。

二、人事科（挂党建工作科牌子）。

三、发展规划与财务审计科（挂科技与对外合作科牌子）。

四、农村水利与水利移民管理科。

五、水利工程建设科（挂监督科牌子）。

六、水资源水保与河湖管理科（挂市节约用水办公室、河湖长制工作科牌子）。

七、运行管理与水旱灾害防御科（挂南水北调工程管理科牌子）。

机关党委。日常工作由人事科（挂党建工作科牌子)承担。